此次航天员的太空停留时间比以往要长，他们要在“天宫一号”生活13天，以往在“神舟”飞船里最多是生活5天。而“天宫一号”的生命保障系统和环境控制系统能提供60天的生活工作环境，也就是说一个人可以生活60天，3个人可以生活20天。
与以往不同的是，“神舟九号”任务中，航天员在太空的生活节奏比较接近地球。以前飞行天数短，任务安排得相对紧密，航天员的作息节奏和地面上不一样。但随着飞行时间延长，航天员的太空生活节奏会越来越趋向于地面。否则航天员生活节奏、工作节律被打乱，会感觉到不舒服，地面的支持团队也不能长期维持这种节奏。
在10天左右的组合体生活期间，航天员工作、生活和地面基本同步，吃饭也是早中晚一日三餐，8点钟之前吃饭、打扫卫生，然后天地通话、医学检查，把一天的工作计划和地面协调好之后就开始干活。航天员按北京时间休息，晚上要锻炼身体，睡前把完成的计划和感受传回地面。为保证睡眠，有专门的设计确保航天员抗“昼夜交替”干扰，可以把窗帘拉上，睡觉灯光也是可调的。
“天宫一号”的有效活动空间是15立方米，包括两个睡眠区，一个仪表显示区，一个空间科学实验区，一个在轨锻炼区。为了保证航天员有充足的睡眠和旺盛的精力，睡眠区设计了两个“房间”，以保证航天员在太空里也能睡上单间。三名航天员在太空的时候，不能一起睡觉，总要留下一个人值班，因此两个“单间”足够保证同时有两个人休息。他们还有3个睡袋，每人都有自己的“被子”。此外，“天宫一号”里还有一个专门的“密室”，在这个密室里航天员和家人说悄悄话，旁人无法“偷听”。
不过，航天员的餐厅并不是在“天宫一号”里，而是在“神舟九号”的轨道舱内。“神舟九号”在天上停留的时间较长，所以航天食品更加丰富。在“神舟七号”时，航天员已经可以吃到醋、辣椒之类的调味品了，而“神舟九号”“厨房”里可储藏至少80种食品，航天员每天能吃到不同种类的饭菜。
在“神舟九号”飞船里，还有一位神秘“乘客”，那就是海尔集团研发的航天冰箱，它不是用来存储食物的，而是要完成保存医学试剂的使命，为飞船返回后航天医学研究提供重要的样本支持。